辅助机程序（Pod Programs）是尼尔：自动人形中可以通过辅助机释放的特殊技能。其中一些技能和前作的魔法（封印的言语）类似，与前作不同的是本作没有魔法值系统，使用技能后会进入冷却状态。
“激光”和“扫描仪”可以在主线中获得，剩余的程序可以通过商店购买、完成支线任务或在三周目从其余寄叶机体上回收获得，总共有十七个。
技能蓄能[]
当获得多个辅助机后，可以通过长按释放技能的键分别给辅助机蓄能，同时用多个辅助机释放技能，这次释放了同一技能的辅助机之间共享冷却时间。扫描仪不可蓄能释放。
技能列表[]
技能效果
蓄能效果
获取方式
R010：激光（Laser）
发射一道强力的激光
每多一个辅助机多发射一道激光
一周目开始默认获得
R020：幻影（Mirage）
分析一定半径范围内的敌人，并让角色对范围内的敌人进行斩击
范围和伤害增加
通过在抵抗军营地的维护商店或其他维护商店购买获得
R030：锤子（Hammer）
召唤锤子对目标进行打击
每多一个辅助机多召唤一个锤子
通过在抵抗军营地的维护商店或其他维护商店购买获得
R040：刀锋（Blade）
辅助机在角色周围旋转，对周围敌人造成伤害
每多一个辅助机多一道刀刃
通过在抵抗军营地的维护商店或其他维护商店购买获得
R050：长矛（Spear）
从地面戳出长矛，对敌人造成打击
每多一个辅助机多一行长矛
通过在抵抗军营地的维护商店或其他维护商店购买获得
A060：P盾（P Shield）
在一定时间内完全抵挡近战伤害
持续时间延长
通过在抵抗军营地的维护商店或其他维护商店购买获得
R070：M盾（M Shield）
在一定时间内完全抵挡远程伤害
持续时间延长
通过在抵抗军营地的维护商店或其他维护商店购买获得
A080：波纹（Wave）
使角色向上跃起一段高度，在高处向下砸辅助机，形成冲击波。
完成支线“流浪情侣”
A090：电线（Wire）
发射线，击中敌人时可将角色拉近敌人进行打击
完成支线“失忆”
A100：诱饵（Decoy）
用辅助机投影一个主角的立体影像，吸引敌人注意并用辅助机进行射击
三周目，废墟都市西南方高楼楼顶，回收辅助机程序
A110：减速（Slow）
扔出一个炸弹，使进入爆炸范围的敌人的动作被延缓
完成支线“数据分析狂·二”
A120：修复（Repair）
释放一道持续一段时间、可以修复机体的射线，只要在照射范围内机体就能得到修复
完成支线“仓库整理·三”
A130：炸弹（Bomb）
在一段时间内不停扔出小型炸弹
完成支线“礼物”
A140：重力（Gravity）
扔出一个炸弹，爆炸并吸附周围的敌人
完成支线“夺回机密情报”
A150：伏特（Volt）
用辅助机释放的电流屏障固定附近的敌人，并在一段时间内对敌人持续造成伤害
三周目，游乐园废墟坦克附近，回收辅助机程序
A160：导弹（Missile）
使角色乘在辅助机上冲向较远的地方
三周目，工厂废墟，遇到9S的地方往前走到尽头，集装箱上，回收辅助机程序
A170：扫描仪（Scanner）
释放超声波，探测隐藏物品
无
一周目淹没都市一战后，回到抵抗军营地，从波波拉·迪瓦拉姐妹处获得
附注[]
由于幻影和波纹能使角色上升一段高度，因而这两个技能常用来作为极限高跳的一环来到达一些较难到达的地方。
同理，导弹也可用于极限远跳。